Mwerusjøen er en ferskvannsinnsjø i Sentral-Afrika, på grensen mellom Zambia og Den demokratiske republikken Kongo.
Innsjøen, som ligger på 917 moh, har en utstrekning nord-sør på 122 km, og en gjennomsnittlig bredde på 50 km.
Mwerusjøen har et areal på 4 413 km². Den er ganske grunn, med en største dybde på 37 meter. Breddene er stort sett slake med unntak av klippeformasjoner på den vestlige kysten. Sjøen har ei stor øy, Kilwa i sør. Det er registrert 88 ulike fiskearter i sjøen, derav 12 ciklider.
Den største tilløpselva er Luapula, som renner inn i sjøen fra sør. Utløpet er gjennom elva Luvua, som renner ut fra nordenden av sjøen.
