Sankt Michaelis kirke (tysk: Hauptkirche Sankt Michaelis) er en kirke i Hamburg, Tyskland. Kirken som på folkemunne gjerne kalles «Michel», er en av de fem evangeliske hovedkirkene i byen. Kirken er viet til erkeengelen Mikael.
Den første kirken på stedet ble oppført i 1647 og brant etter et lynnedslag i 10. mars 1750.
Grunnstenen til en ny kirke ble lagt allerede i 1751 og det nye bygget sto ferdig i 1752. Kirken ble innviet ved et en kantate av Telemann: Komm wieder Herr, zu der Menge der Tausenden in Israel.
Det andre kirkebygget ble fullstendig ødelagt i en brann i 1906, oppstått under vedlikeholdsarbeider. Flere fremstående musikere og arkitekter, blant andre Cornelius Gurlitt, Fritz Schumacher og Peter Behrens hadde talt i mot en rekonstruksjon, og ønsket istedet en moderne kirke. Folkelige protester vant imidlertid frem og en rekonstruert barokkirke, den tredje i rekken, sto ferdig på stedet i 1912. Da var imidlertid trekirken erstattet med en kirke oppført i stål og betong.
Kirken sto lenge uskadet under de alliertes bombeangrep under den andre verdenskrigen, samtidig som bygningene omkring ble sterkt skadet. Omsider ble imidlertid kirken også truffet i 1944 og 1945 og igjen helt ødelagt. Kirken ble på nytt innviet i 1952, men bare døpefonten og offerkisten var igjen fra kirken i 1763. Kirken ble fra 1983 til 2009 skrittvis renovert til dagens stand.
