Naumburg domkirke St. Peter og St. Paul i Naumburg ved Saale stammer hovedsakelig fra 1200-tallet. Kirken var tidligere katedral i Naumburg bispedømme og er blant de viktigste senromanske og gotiske byggverk i Sachsen-Anhalt. Kirken er i dag evangelisk.
Naumburg domkirke inneholder et østlig og et vestlig kor, forbundet med et basilikakonstruert midtskip. Den østlige kirke inneholder et trehvelvet tverrskip og under dette en tredelt krypt. To senromanske tårn flankerer det østlige koret. På den vestlige side finnes også to tårn, hvorav det ene ble fullført først på 1800-tallet.
Byggeleder fra starten i 1210 var Naumburgmesteren, en tysk billedhugger hvis navn i dag er ukjent, men som bidro til å innføre den gotiske stil i Tyskland, til erstatning for den romanske stil.
Kirkens historie er nært knyttet til byens utvikling. Naumburg kommer av Neweburg eller Nuwenburg (ny borg), og det var Ekkehard I, en markgreve av Meissen og hersker over Thüringen som ca. år 1000 begynte oppføringen av en borg på stedet. Ekkehard I ble myrdet i kampen om keiservalget etter Otto III som døde uventet i 1002. Ekkehards sønner fortsatte imidlertid oppføringen av borgen, og utenfor denne bygde de en kirke som del av et kirkestift. Ved siden av stiftskirken kom senere en ny domkirke og sannsynligvis ble denne innviet i 1042.
Gode økonomiske tider gjorde at det i 1210 var mulig for biskopen i Naumburg å påbegynne en ny domkirke. Både stiftskirken og den romanske kirken måtte etterhvert vike plass for den nye domkirken. I løpet av de mer enn hundre år det tok å bygge den kirken vi kan se idag, endret den fremherskende byggeskikk seg fra tidligromansk til senromansk, og endelig til gotisk stil. Den fullførte kirkens ulike deler illustrerer denne utviklingen.
Naumburgmesteren er skaperen av vestkoret, som er det første og blant de mest storartede gotiske verk i området Sachsen og Thüringen. Det var også Naumburgmesteren som utførte det vestlige lektorium, skilleveggen i kirken mellom de geistlige og allmuen. Lektoratet er utført med relieffer fra lidelseshistorien. Bemerkelsesverdig er også Naumburgmesterens tolv statuer av den opprinnelige kirkens stiftere (stifterfigurene), utført i naturlig størrelse. Mest kjent av stifterfigurene er den av Uta, gemalinne av stifteren Ekkehard II.
En brann i 1532 ødela mye av den opprinnelige innredningen. Svenskenes okkupasjon på 1600-tallet medførte også store ødeleggelser.
Naumburg domkirke er oppført på UNESCOs tentativliste for senere oppføring på UNESCOs liste over verdensarven.
