Annecysjøen (fransk: Lac d'Annecy) er en innsjø i departementet Haute-Savoie i Frankrike.
Den er den nest største innsjøen i Frankrike etter Bourgetsjøen, bortsett fra den franske delen av Genfersjøen. Den er også kjent som «den reneste innsjøen i Europa» på grunn av strenge miljøreguleringer som ble innført i 1960-årene. Innsjøen er et populært turiststed, og blir blant annet brukt til bading og vannsport.
Innsjøen ble dannet for rundt 18 000 år siden av store alpine isbreer. Den får vann fra mange mindre elver fra de omliggende fjellene (Ire, Eau morte, Laudon, Bornette og Biolon), og fra en kraftig undervannskilde, Boubioz, som munner ut i et dyp på 82 meter.
