Apollonia (gresk: Απολλωνία) i Kyrenaika (dagens Libya) ble grunnlagt av greske kolonister og ble et betydelig kommersielt senter i sørlige Middelhavet i antikken. Byen fungerte som havn for byen Kyrene, rundt 20 km lengre sørvest. Byen var fødestedet for den greske matematikeren og geografen Eratosthenes.
Apollonia var den ene av fem byer i libyske Pentapolis. Det tidligste nivået fra da byen ble opprettet er i dag nedenfor havnivået grunnet nedsenkning ved jordskjelv, mens det øverste nivået er fra sen bysantinsk-kristen tid og ligger flere meter over havnivået, bygd på de akkumulerte avleiringer av tidligere epoker. Eksistensen av bygninger i havet ble bemerket av Beechey (1827) som gjorde noen grove tegninger, og av Goodchild (1950-tallet). I 1958 og 1959 ledet Nicholas Flemming, den gang student ved Universitet i Cambridge, en gruppe av andre studenter som trente med dykking og undersøkelser under vann for å kartlegge en større sektor av byen under havet. Resultatene av dette arbeidet ble publisert, komplett med kart og diagrammer av bygninger og bystruktur under vann i referanser sitert nedenfor. Carlo Beltrame og kollegaer har senere framstilt en undersøkelse med undervannsfotografier av en del av bygningene.
Ruinene av Apollonia er på samme sted som dagens libyske by Susa, og Apollonias museum i Susa huser mange gjenstander fra det antikke stedet. Jordskjelvet på Kreta og tsunamien den 21. juli 365 e.Kr. har åpenbart ført til store ødeleggelser på byen og havnen.
KirkerApollonia er særlig kjent for sine ruiner av tre kirker (av 5 opprinnelige) fra den bysantinske perioden.
Palasset ble sist benyttet av den bysantinske hertug og hadde over 100 rom. Det ble tidligere benyttet av den romerske militærkommandanten.
TeaterEt godt bevart gresk teater står ved kysten utenfor gamlebyens murer.